重庆工商大学学术型研究生有8个一级学科近40个（含自设）专业面向全国招收硕士研究生，它们是：应用经济学一级学科10个专业；工商管理一级学科6个专业；管理科学与工程一级学科；社会学一级学科5个专业；马克思主义理论一级学科3个专业；环境科学与工程一级学科4个专业；新闻传播学一级学科4个专业和统计学一级学科及中国古代文学1个专业。
    专业学位研究生有2个专业招收硕士研究生，它们是：工商管理硕士（MBA）和工程硕士（环境工程领域）。