华中科技大学校园网上曾出现过一篇《两年的硕士有什么价值》的帖子，该校一位化学系两年制硕士生的发言代表了“小硕士”们的普遍忧虑：尽管课时压缩，可以早日参加工作，但是知识掌握不牢，对求职和今后的工作都有一定影响。“我们将来在就业竞争中，岂不成了‘六年制本科’？我们的优势在哪里？”

事实上，除了学生，高校的老师们也在体味着改革带来的困惑，不断作着自我心理调整。武汉大学一位著名的新闻学博士生导师坦言：“研究生改制的弊端已经显现出来，单从论文水准大幅下降这一块就可以看出来了。”

因此，不少高校在把研究生学制从三年改为两年后，逐步宣布取消过去硕士研究生毕业前必须在公开学术刊物上至少发表一篇论文，否则不予答辩也不授予学位的规定，不再对两年制硕士发表论文作强行要求。然而，这只是伴随学制改革中一个相对“及时”的步骤而已。在改革之前各高校为了怕影响培养质量，大多不敢对改制学生的课程作出改革。改成两年制后，绝大多数研究生专业课程的设置、课程考核方式等都基本没变。中山大学一位硕士生导师认为，“换汤不换药”的改革使学生和老师都一起叫苦不迭，疲于奔命。

他认为，从近年的实践来看，各高校缩短研究生学制后给原有教学计划、师资配备、培养模式等带来很大冲击，普遍出现了教学量不足、师资短缺，最终导致研究生培养模式改变、质量滑坡的现象，这些都属于推行过急而产生的“副作用”。

“像北京大学前两年曾经提出把博士学制从3年改成4年，实际上就是要拿一年来补上硕士的课啊！”郑永霆认为，这可谓是硕士两年制的另一个副产品。“就像炼铁一样，时间不够是不能出钢的，不合格的硕士教育给博士研究带来了薄弱基础，引起一连串的反应。”