教育科学研究所建立于1981年10月，当时为高等教育研究室，1993年6月改为高等教育研究所，1999年7月与外语系、社科系合并成立人文社会科学学院。
　　 
      高等教育研究所是从事高等教育理论研究的教育科学研究机构，开展高等教育改革和发展的理论与实践研究，主要承担高等教育学的学科建设及人才培养的任务，同时，参与学校发展和改革的研究、咨询，指导和协调全校的教育科学研究。承办《北京理工大学高等教育研究》刊物。

　　高等教育研究所开展了大量教育科学研究，在高等教育理论、高等学校管理、高等工程教育理论、高等教育评估、高等教育课程论、人才素质和培养模式的研究、大学德育、大学生学习论和心理健康教育等方面取得多项优秀成果，形成了自己的优势和特色。出版有《高等工程教育论》、《高等学校办学方向新论》、《课程建设与评估》、《大学生学习引论》、《高等学校教育管理与实践》多种著作。

 
研究生教育 　　　 
       高等教育学硕士学位授权点 
  
       1998年开始招生。设有高等教育管理、教育心理与心理咨询、高等教育与社会发展、教育经济与管理等四个研究方向。
　　1．高等教育管理
　　研究以高等教育的管理体制和运行机制为主要内容的高等教育行政管理，和高等学校管理，包括教育行政、教育发展规划、教育评估、教学论、大学德育、学生管理、师资队伍建设、教育技术等广泛的内容。

　　2． 教育心理与心理咨询
　　研究青年学生群体的社会心理和大学生个体心理的发展、心理卫生和心理咨询，通过理论与实践的结合，培养能够从事心理健康教育专业人员。
　　3．高等教育与社会发展
　　研究高等教育发展与社会政治、经济、科技、文化发展之间的互动关系，尤其是在我国社会转型期、信息时代和全球化背景下大学的功能和使命、大学与社会的关系、高等教育政策、教育公平等问题。

　　4．教育经济与管理
　　研究优化教育资源配置、提高教育效率等教育经济问题，包括教育投资、教育成本、教育效益分析、产学研合作办学等。