南开大学的信息技术学科是在实力雄厚的物理和数学学科的基础上发展起来的。为了适应当今信息技术与信息产业发展的需要，根据学校整合计算机、自动化、电子工程与光信息技术领域的教学、科研力量，形成覆盖信息科学的主要领域，并在一些重点领域具有较强优势的学科建设思想，于1995年是在计算机与系统科学系、电子科学系与现代光学研究所、光电子薄膜器件与技术研究所的基础上，组建了信息技术科学学院。学院的第一任院长为秦世才教授，第二任院长为卢桂章教授，现任为吴功宜教授。
学院坚持“质量为立院之本”的工作方针，经过全院师生员工的共同努力，学院的学科建设、教学与科学研究都取得了可喜的进展，基本形成了以计算机、电子工程、自动化、光电信息、信息安全等五个学科门类为主体的信息学科群。学院的学科涵盖了7个一级学科，是目前全国高校中信息技术学科门类最齐全的学院之一。学院目前已有本科专业9个，硕士学位授权点14个，工程硕士学位授权点4个，博士学位授权点7个，一级学科博士学位授权点1个，博士后流动站3个，其中光学工程是国家级重点学科，光学工程与计算机软件与理论是天津市重点学科。
为适应研究型大学的需要，学院采取控制本科教学规模，适度发展研究生教学规模的办学思路。2005年学院学生人数本科为1696名，硕士为711名，博士为177名，总数为2584名。通过适度控制教学规模，优化学科结构，希望经过近年的调整，逐步形成适合研究型大学需要的教学科研体系与结构。
学院拥有一支老中青教师相结合，以中青年学术带头人为骨干，学术水平高、结构合理、朝气蓬勃的教学、科研与管理干部队伍。全院共有教职工230余人，近年来从国内外著名高等院校引进以优秀博士为主体的年青教师50余名。学院有一批德高望重的学者，也有一群学术思想活跃、朝气蓬勃的年青学术带头人，其中有中国科学院院士1名，教授68名，博士生导师45名；设有2个长江学者特聘岗位。学院与美、英、日、法、德、新加坡、香港、台湾等国家和地区的几十所高等院校、研究单位、信息技术公司有密切的学术交流与合作研究关系，聘请了数十名国内外一些著名高校、研究所与企业界的院士、专家、学者担任学院的讲座教授、兼职教授、客座教授和名誉教授，他们之中有很多人已经在学院指导研究生，授课和合作研究。
学院目前形成了以四个研究所和近20个科研研究室为格局的科学研究体系，其中有教育部“光电信息技术科学开放研究实验室”与国家科委863计划“智能机器人控制理论与方法研究网点开放实验室”，“天津市光电子薄膜器件重点实验室”与“天津市光通信器件行业技术中心”。学院与国内外著名的信息技术公司合作，成立了“天津市Java应用技术研究开发中心”、“南开大学IBM技术中心”、“南开-华为联合实验室”；同时经天津市政府批准，成立了“天津市半导体芯片设计研究中心”。目前，经过国家发展改革委员会批准，学院参与筹建“计算机病毒研究国家工程中心”。
建院以来，共承担国家自然科学基金、863、973、科技攻关、攀登计划等重大和重点科研课题达570余项，科研经费居全校前列；在国内外学术刊物和学术会议上发表论文2600余篇，其中SCI、EI、ISTP收录论文的数量一直居全校前列；获国家级及省部级科技成果奖数十项；其中1995年获国家科技进步奖三等奖一项，2000年获国家科技进步奖二等奖一项，2002年获国家技术发明奖二等奖一项；出版专著、教材与译著140余部，取得了一批标志性的科研成果。
学院秉承南开大学重视教学和人才培养质量的优良传统，稳步推进本科教学改革工作。以保证教学质量为前提，参考国内外知名大学的教学计划，统一安排9个本科专业的教学计划。打破教师系所归属的传统概念，聘任学术水平高、教学质量好的教师担任本科教学任务，认真推进教育部关于“知名教授为本科生上基础课”的要求。在教学过程中，学院聘任有丰富教学经验、工作责任心强的老教授组成的教学督导组，制定了院系主要负责人和教师听课制度；同学可以随时通过学院的教学网站，或直接向督导组、院长、系主任、教师反映教学和管理的意见，充分发挥行政管理体制、教学督导组、教师与同学各方面的积极性，监控教学过程，保证教学质量。学院积极推进实验室建设工作，为学生提供高水平的实验学习环境。近年来，学院从各个途径筹集资金，重点建设、改善和充实了15个用于全院本科与研究生教学的实验室和基础实验设施，除了可以完成教学计划安排的实验教学任务之外，采取开放实验室的办法，支持学生课外创新实践活动和参加国内外学术竞赛活动，促进教学质量的提高。杨石泉同学的博士论文入选2005年度全国百篇优秀博士论文，有30多名同学在国家级电子设计竞赛、计算机竞赛中获得大奖，其中，2001年3名同学获全国大学生电子设计竞赛一等奖，2003年6名同学获全国大学生电子设计竞赛一等奖，4名同学获“微软创新杯”软件开发大赛一等奖。由于注意解决好研究型大学的“学校定位与培养目标”的关系，以及学生的“结构比例、规模和质量”的关系，坚定地执行“质量第一”的办学原则，目前学院招生的生源好，学风严谨，教学质量比较高，从学生入学、培养到就业，基本上形成了一种良性循环。从目前社会反馈的信息看，用人单位对毕业生评价普遍很高。
经过全院师生员工的辛勤耕耘，学院已初步形成了“学科门类齐全，教育规模适度，教学特色鲜明，科研成果突出，学生培养质量高”的办学特色。
目前，学院正以崭新的姿态，秉承“允公允能、日新月异”的校训，抓住机遇、迎接挑战，“发挥学院多学科的综合优势，突出重点，支持新兴与交叉学科发展，争取经过十一五计划的建设，逐步形成规模适度，特色鲜明，整体教育水平居全国高校前列的南开信息学科教育体系，使南开大学信息技术科学学院成为我国和天津市信息技术领域高层次、创新人才培养与知识创新的重要基地。”